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忍びの名門・天堂家の家系を継ぐ天堂無人は、風魔忍群を率いる風魔烈風が忍びの術を悪用して日本征服を企んでいることを察知し、その野望を打ち砕くために悪忍を捕獲する正義の忍群「忍者キャプター」を組織する。一方、風魔烈風の方針に反発した風魔忍群の出雲大介は、抜け忍となり刺客に追われるところを天堂無人に救われる。かつての恩師でもある天堂無人の勧めにより、出雲大介はキャプターのリーダー・火忍キャプター７として風魔忍群に立ち向かう。