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「The World R:2」に初めてログインしたハセヲは、PK（プレイヤーキラー）に殺されてしまう。そんな彼を左腕に異形のデザインを持つPC（プレイヤーキャラ）オーヴァンが助ける。そして、ハセヲに「キミには資質がある」と言うオーヴァン。その瞬間から多くのプレイヤーがハセヲに接触を始めて…。

オーヴァンからギルド＜黄昏の旅団＞へ入らないかと誘われるハセヲ。だが、彼が何者なのか、＜黄昏の旅団＞が何をしようとしている集まりなのかを掴みきれないハセヲは、それを拒む。その後、ハセヲは以前、＜黄昏の旅団＞にいたプレイヤーたちと出会い、オーヴァンがギルドを結成した目的ともいうあるモノを知り…。

出所不明の噂がハセヲを困らせていた。見知らぬプレイヤーたちが次々と現れ、「伝説の黒いマルチウェポン」や「レアキャラの進化系」ではないかと尋ね囃し立てられるハセヲ。その時、巨大ギルド＜TaN＞の俵屋が現れ、ハセヲを助ける。そして、＜TaN＞と＜黄昏の旅団＞の思惑の狭間で、ハセヲが固めた決意とは…？

ハセヲが＜黄昏の旅団＞に入ったという情報は、「The World」中に広まっていた。それと同時に、＜TaN＞に幻のアイテム「キー・オブ・ザ・トワイライト」のオーダーが入り出す。その頃、オーヴァンから謎のアイテムを手渡されたハセヲは、志乃と共に管理者さえ手が出せないエリアへと向かい…。

次々と＜黄昏の旅団＞に関わりのあるプレイヤーたちがPK（プレイヤーキル）された。一方、＜TaN＞の直毘の元に不思議なアイテムが持ち込まれる。それは、以前の「The World」には溢れるほどあったが、今では誰もが持て余す仕様にはないモノ。＜黄昏の旅団＞の切り崩しを狙う直毘は、それを俵屋に預けて…。

＜TaN＞のメンバーと接触したハセヲ。それはハセヲを孤立させただけでなく、＜黄昏の旅団＞内部に不信感をまき散らした。そして、現実世界の空を流星群が流れるという日、「The World」では、志乃に指定された洞窟を調査し始めた匂坂とタビーの元に、天井から見たことのない光の粒が降り注ぎ…。

＜黄昏の旅団＞のメンバーを狙うPK。ゲームデータを乱す仕様外の光の粒。それらの存在でハセヲたちの警戒心は、高まっていた。そんな中、＜黄昏の旅団＞のメンバー・匂坂は、秘密裏に渡されていたウィルスコアを俵屋に返す。だが、元＜黄昏の旅団＞のメンバーであるゴードの元に、ウィルスコアの新たな情報が届き…。

ゲーム管理者も手が出せない異質なエリア・ロストグラウンドでウィルスコアを探索中、突然転送されてしまったハセヲ。そして、エリア内で発見された巨大な3本の傷跡。ゲームのグラフィックをも改ざんするその“力”は何を示しているのか？ 一方、独自に情報を集めていたゴードは、新たなウィルスコアの存在を知り…。